La vicenda storica della Villa è, più che in altri casi, strettamente legata alla storia della famiglia Emo. Prima del 1535, il patrizio veneziano Leonardo Emo, conoscitore ed estimatore di queste terre di pianura, deciso a ritirarsi dal suo servizio allo stato, acquista da Andrea Barbarigo il fondo di Fanzolo, pari a 80 campi trevigiani. Qui decide di dedicarsi attivamente alla coltivazione e all'allevamento, promuovendo la bonifica delle terre, il rinnovamento delle colture, l'impianto di molini e filande. Si realizza così una dimora che si apre completamente alla campagna, uno dei messaggi più aperti del Palladio, semplice e solenne, evocazione suggestiva di un'immagine classica, straordinariamente attuale per la vita di ogni giorno di chi lavora e produce, con la fatica del braccio e l'impegno della mente. Leonardo Emo diventa il coordinatore del luogo con le acque, dell'ambiente con la Villa, dell'architettura con la decorazione, per tutte le esigenze del lavoro dei campi e della conduzione del bestiame, per i fini che rientrano in un progetto di rinnovo della realtà socio-economico, per un dialogo fruttuoso tra i diversi strati sociali fino ad allora in contrasto tra loro.